Pro cestující na Letišti Praha platí od pondělí 6. listopadu 2006 nová pravidla pro provádění bezpečnostních kontrol. Nové bezpečnostní nařízení upravuje zejména přepravu tekutin a gelů. Nově také zavádí maximální limit rozměru příručních zavazadel. Omezení velikosti kabinových zavazadel začne platit od konce března příštího roku. Cílem zpřísněných kontrol je zvýšení ochrany pasažérů před hrozbou terorismu. Nová pravidla jsou jednotná pro všechna letiště EU, platit budou také na Islandu, v Norsku a Švýcarsku.
Cestující si na palubu letadla budou moci vzít podle nového nařízení EU jen takové tekutiny a gely, které koupili v letištních obchodech až za stanovišti bezpečnostní kontroly. Pokud si tekutiny nebo gely koupí v letištních obchodech v prostoru mezi pasovou a bezpečnostní kontrolou, pak je musí mít zabalené v řádně označeném sáčku. Uvnitř sáčku musí být doklad o zaplacení zboží s informací, že ho cestující zakoupil v den letu. Zboží budou do speciálních sáčků s logem letiště balit přímo jeho prodejci.
Omezení se týká také množství tekutin a gelů pro osobní potřebu, které si s sebou mohou cestující na palubu brát. Maximální velikost jednoho balení bude 100 mililitrů a pasažéři je musí mít zabalené v průhledném uzavíratelném sáčku o objemu maximálně jeden litr. Sáčky budou k dispozici na ruzyňském letišti před odbavovacími přepážkami. Cestující si tak do nich ještě před odbavením budou moci přemístit veškeré tekutiny a gely pro osobní potřebu, například léky, masti nebo kapky.
Evropská komise zavádí nově také povinnost vyjímání elektronických zařízení, například notebooků, ze zavazadel a jejich samostatnou detekční kontrolu. Ta se týká také svrchního oblečení cestujících. Tato opatření jsou však už v Ruzyni zavedena, takže nebudou mít žádný vliv na nový systém kontrol.
Příruční zavazadla, která si s sebou mohou brát pasažéři na palubu, budou od konce března příštího roku limitována rozměry 56 x 45 x 25 cm. Výjimku z velikosti kabinových zavazadel budou mít jen křehké předměty, nebo takové, u nichž hrozí jejich poničení, například hudební nástroje. Ty budou procházet samostatnou kontrolou.